水果本身含的酵素不同，如想让酵素在身体中产生不同的作用，也要根据每个人不同体质，选择最合适的时间食用。
空腹别吃太酸的。一般而言，早晨起床时供应大脑的肝糖原己耗尽，此时吃水果可以迅速补充糖分，帮助消化吸收，再加上水果的弱酸甜滋味，可让人一天都感觉神清气爽。但早上胃肠经过一夜的休息，功能尚在恢复中，因此，水果最好选择酸性不太强、涩味不太浓的。尤其胃肠功能不好的人，更不宜在这个时段吃水果。例如：
山楂不宜早上吃。山楂有散淤消积、化痰解毒、增进食欲等功效。但是由于山楂味道过酸，不宜空腹吃，脾胃虚弱者也不宜在早晨进食。
西柚早餐后吃可提神。西柚含有丰富的果胶成分，可降低低密度脂蛋白的含量，但由于其中酸类物质含量较多，因此最好在早饭后吃，可以迅速使大脑清醒。
餐前吃水果，补充维生素。两餐之间吃水果，可及时补充大脑和身体所需的能量，此时水果中的果糖和葡萄糖能被人体快速吸收。例如：
红枣最好餐前吃。红枣有“天然维生素C丸”之美称，空腹时摄入维生素C，吸收效果最好。需要提醒的是，过多食用红枣可能会引起胃酸过多和腹胀，消化不良者应少量食用。
桃子也可餐前吃。熟透的桃子性质温和，热量较低。饭前吃有利于营养吸收，不会特别刺激肠胃。但桃子含膳食纤维多，饱腹感强，每次别吃太多。
餐后水果助消化。餐后1小时吃水果有助于消食，可选择菠萝、山楂等有机酸含量多的水果。但不建议晚餐后吃大量水果，既不利消化，又很容易因吃得过多，使其中的糖转化为脂肪在体内堆积。
菠萝可在午餐后食用。菠萝的蛋白分解酵素可以帮助肉类的蛋白质消化，在午餐后吃可以解油腻。如果餐前空腹食用，菠萝富含的蛋白分解酵素会伤害胃黏膜。
西瓜最好午餐后两小时再吃。西瓜中的大量水分会冲淡胃的消化液，在饭前或者饭后马上吃都会影响食物的消化吸收。饭后两小时吃西瓜，可保证午餐中摄入的营养素得以充分吸收。晚餐后不宜吃过多西瓜，易产生胃肠胀气。
香蕉适合餐后食用。空腹时，胃肠内几乎没有可供消化的食物，此时若是吃香蕉，将会加快肠胃的运动，促进血液循环，增加心脏负担。