菠萝营养价值高，同时还具有药用价值，菠萝中含有大量的菠萝蛋白酶，这种酶具有明确的消炎作用，经过提纯后做成的菠萝蛋白酶已经成为药品广泛使用。菠萝蛋白酶在各种组织中能有效地治疗炎症和水肿（包括血栓静脉炎、骨骼肌损伤、血肿、口腔炎、糖尿病人溃疡及运动损伤），菠萝蛋白酶具有激活炎症反应的潜力。菠萝蛋白酶还可治疗腹泻。将菠萝蛋白酶与各种抗生素（如四环素， 阿莫西林等）联用， 能提高其疗效。相关研究表明， 它能促进抗生素在感染部位的传输， 从而减少抗生素的用药量。
菠萝果肉黄或浅黄，肉质细嫩，水分含量高，口感极佳。每100克菠萝含水分87.1克，蛋白质0.5克，脂肪0.1克，纤维1.2克，尼克酸0.1毫克，钾126毫克，钠1.2毫克，锌0.08毫克，碳水化合物8.5克，钙20毫克，磷6毫克，铁0.2毫克，胡萝卜素0.08毫克，硫胺素0.03毫克，核黄素0.02毫克，维生素c18毫克，灰分0.3克，另含多种有机酸及菠萝酶等。经相关临床研究观察表明，菠萝蛋白酶能抑制肿瘤细胞的生长。菠萝蛋白酶作为蛋白水解酶对心血管疾病的防治是有益的。它能抑制血小板聚集引起的心脏病发作和中风， 缓解心绞痛症状，缓和动脉收缩， 加速纤维蛋白原的分解。菠萝蛋白酶能选择性地除皮， 使新皮移植得以尽早进行。动物实验证明， 菠萝蛋白酶对邻近的正常皮肤无不良影响。局部使用抗生素不影响菠萝蛋白酶的效果。现代的科学研究发现，菠萝中含有丰富的蛋白质分解酵素，蛋白质分解酵素能够帮助分解蛋白质，所以其有助于人体的消化吸收。对于那些喜欢长期使用肉类等油腻食物来说，以及高蛋白食物的人来说，菠萝是一种很好的助消化水果。
有的人会对菠萝过敏，食用后15-60分钟内会出现腹痛、呕吐、腹泻、头晕、皮肤潮红、全身发痒、四肢及口舌发麻，严重的还可能出现呼吸困难甚至休克的症状。这就是“菠萝病”，一旦出现以上症状应立即到医院治疗。食用前把菠萝泡过盐水就可避免“菠萝病”的发生。 患有溃疡病、肾脏病、凝血功能障碍的人应禁食菠萝。