茄子中含有一种对人体有害的物质：茄碱。过多食用可能会出现恶心、呕吐、腹泻等症状。
科学研究发现，未全熟的茄子中，茄碱含量比成熟的茄子高。盛采期的茄子中茄碱含量高，而快拉秧时采下来的茄子中茄碱含量低。测定还发现，茄子皮颜色的深浅和茄子中茄碱的含量有很大的关系，紫茄子的含量高，而绿茄子的含量低。也就是说，茄子的颜色越深，茄碱的含量就越高。
但是，茄碱并不存在于茄子皮中，而主要存在于果肉当中。因此，想用削掉茄子皮的办法来避免摄入毒素的方法是无效的。同时，茄碱基本上不溶于水，因此用焯烫、水煮等方法都不能去除。唯一的办法就是控制摄入量。好在茄子中的茄碱含量较低，最高的品种也不超过每克干重0.8毫克，换算成鲜茄子，大概吃450克，这种高茄碱茄子才可能达到25毫克的摄入量，这时候有可能发生恶心呕吐等不适反应。400毫克茄碱才可能使成年人致命，因此，正常情况下一餐吃半斤茄子是不会引起任何麻烦的。
人们听说生番茄有毒，其中的麻烦也正是茄碱。吃一个80~100克的纯绿色番茄，就可能达到让人感觉恶心难受的茄碱含量。不过，绿色番茄也没有想象中那么可怕，只要停下不吃，症状就会逐渐缓解。而吃1.15公斤以上，才有生命危险。