中国疾病预防控制中心(CDC)牵头开展的一项监测注册登记研究发现，2008-2012 年5 年期间，我国 CDC 共收到 720余万例手足口病可能病例，12~23月龄儿童是手足口病发病率和死亡率最高的人群，北方夏季高发，南方春秋季节高发，肠道病毒 71 型感染最常见。
研究者指出，患儿年龄较小、感染肠道病毒 71 型(EV71)和家住农村都是重症手足口病的高危因素。这些数据支持优先接种EV71疫苗，并为不同地区常规疫苗接种的最佳时机提供了依据。
在同时发表的述评中，日本专家也指出，该研究提供的流行病学信息对中国和亚太地区其他国家研发和引进 EV71 疫苗非常重要。中国开展的大规模Ⅲ期临床研究已发现，两剂明矾佐剂灭活 EV71 疫苗可有效中和 EV71。
在上报 CDC 的口足口病可能病例中，3.7%经实验室检查确诊，0.03% 死亡。手足口病从发病至诊断的中位时间为1.5 d，从发病至死亡的中位时间为3.5 d，从确诊至死亡的中位时间为0.5 d。
12~23 月龄儿童是手足口病高发人群;2012 年，该年龄段儿童中手足口病发病率和病死率分别为38.2/ 千人年和 1.5/ 十万人年。
研究者指出，大多数手足口病为自限性疾病，但部分患儿也会迅速出现神经系统或全身并发症甚至死亡。该研究中出现心肺或神经系统并发症即重症病例占1.1%;在这些重症病例中，3.0%死亡。
在1737例接受实验室检查的死亡病例中，93%感染EV71。轻症和重症患儿中 EV71 感染分别占 45% 和 80%。此外，柯萨奇病毒A16型感染也较常见。
在发病季节上，每年 6 月是我国北方手足口病高发时段;在南方则每半年暴发一次，发病高峰分别是5月和9~10月。此外，我国每年都有一次 EV71感染流行。
分析还显示，手足口病患儿自发病起每增加 1 天，死亡风险升高 1%;与城镇患儿相比，农村患儿病死风险增加 25%。研究者指出，“除了农村和城镇地区的医疗资源和高级生命救治技术存在差异外，轻症手足口病患儿不恰当地应用糖皮质激素和吡唑酮类解热镇痛药会导致病情加重甚至死亡。”
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