马皇后一共生了5个儿子，分别是：朱标、朱樉、朱棡、朱棣、朱橚。
1、朱标
（1355年10月10日—1392年5月17日），安徽凤阳人，明太祖朱元璋长子（也是嫡长子），母孝慈高皇后马氏，明惠宗朱允炆之父。
朱标于元至正十五年（1355年）九月出生在太平商人陈迪家中。朱元璋称吴王时便将其立为世子，随宋濂学习经传。自幼受到悉心教导，明太祖对他寄予厚望，多方培养。洪武元年（1368年）正月立为皇太子，正式确立他为接班人。
2、朱樉
（1356年12月3日—1395年4月9日），濠州钟离（今安徽凤阳）人，明太祖朱元璋第二个儿子 ，懿文太子朱标同母弟，明成祖朱棣同母兄，母亲孝慈高皇后马皇后，《南京太常寺志》记载为李淑妃所生，明代九大攘夷塞王之一。
3、朱棡
（1358-1398年）濠州钟离（今安徽省凤阳县）人，明太祖朱元璋第三子，母孝慈高皇后马氏（马皇后），《南京太常寺志》记载为李淑妃所生，九大攘夷塞王之一。洪武三年（1370年）四月封晋王，洪武十一年（1378年）就藩太原。
4、朱棣
明成祖朱棣（1360年5月2日-1424年8月12日），明太祖第四子，明朝第三位皇帝，年号永乐，故后人称其为永乐帝、永乐大帝等。
5、朱橚
（1361年—1425年），安徽凤阳人。明朝宗室，医学家。明太祖朱元璋第五子，明成祖朱棣的胞弟，生母待考证（因与朱棣同母，且朱棣本身生母存疑，故其生母可能性有二。孝慈高皇后马氏或碽妃）。
根据《明史》记载，马皇后一生共生下了五个儿子和两个女儿。《明史》是二十四史的最后一部，也是公认其中最完善的一部。二十四史是历朝历代的最正统的史书，因此《明史》对马皇后子女数量的记载具有很高的可信度。