一、与阿拉伯国家和地区的医药交流
1206年蒙古国建立后的三次西征，给各国人民及本国人民带来严重灾难，但也开通了东西方交通的宽阔大道，在客观上对与阿拉伯医药交流的发展增加了很大便利。同时，为适应自身生存与军事扩张的需要，蒙古军队对包括医生在内的各种匠艺人员采取了一定程度的保护措施。蒙古统治者在所征服的地区征召医生为自己服务，这样，在当时蒙古最高统治者周围就逐渐集聚了一些著名的中外各族医生，如为蒙古太组成吉思汗(1206～1227年在位)服务的就有信奉景教的回回医生，诸多域外回回医生以医药服侍于蒙古统治者，这本身就是中国与阿拉伯医药交流的一种体现。而且，按照常理，回回医生与汉族医生既然同时服务于蒙古统治者，相互之间应该有直接接触，也可能进行过某些医药方面的交流活动。
在当时来往的一些使节中，世颇有本身即为医生或留意于医药者。如1254年由鲁本国(今日土耳其)派遣东往觐见蒙古宪宗蒙哥的使节叔札乌丁，就是一名医师，其后不久，有中国使节常德自和林(即哈喇和林，窝阔台于1235年建为蒙古国国都，今蒙古人民共和国厄尔得尼召北)西行觐见旭烈冗，由刘郁撰《西使记》记其事，书中记载了一些关于回回医药的见闻，增加了当时中国人对回回医药的认识。书中所载的阿只儿、阿息儿、奴哥撒儿三种回回药物，后来《本草纲目》即据以收录。
忽必烈统治时期(1260～1294)，继承并扩大了成吉思汗以来所推行的重视医学，积极对外开放以及对各种宗教采取的兼容并蓄、广事利用等政策，使中国与阿拉伯的医药交流得到了较大的发展。
元廷专设有“西域侍卫亲军”等主要由回回人组成的侍卫部队，为了满足大量回回军士的医疗需要，以及处理回回药物的输入等有关事宜，忽必烈时期先后设立了西城医药司、京师医药院、广惠司、大都(忽必烈定为元都，今北京)与上都(即开平，元夏都。今内蒙正蓝旗东)回回药物院及回回药物局等6个回回医药专门机构，这些机构的创始者是来自叙利亚西部的拂林(东罗马帝国)人爱薛(‘Isa,1127～1308)。爱薛是唯一在《元史》中立有专传的回回医家，他及其家人在元代为回回医药在中国的传播起有重要作用。
除了回回医药专门机构外，在太医院、典医监等中国传统的医药机构中，也先后有野里牙(爱薛长于)、铁树、曲抠等多名回回人土人仕并担任领导工作，说明回回人士在元代医政机构中的影响是较为广泛的。全国统一后，中外交通一度极为畅通，出现中外各民族的大迁徙和广泛的民族杂居现象。除在元廷任职外，还有很多回回医生散居中国各地，在民间行医或卖药。在元人的诗文笔记中，记载着不少赞誊回回神医奇药的篇章，足见其影响之广泛。
元代回回药物输入的途径之一，是诸汗国的“进贡”。伊利汗合赞、不赛因诸王先后多次遣使向元廷进贡，在所贡物品中，回回药物占了很大比重，其中多有珍奇之品，如1332年10月，不赛因“遣使贡塔里牙八十八斤”，即属此类。1320年7月回回太医进药“打里牙”(即塔里牙)，一次酬其值竟达15万贯之巨，其进药数量之大足以想见。上述药物的进贡，由于一般均从元廷领取大量的回赐，实际上带有贸易的性质了。
忽必列时期采用的促进农业和工商业发展的经济政策，直接或间接促进了中外医药交流的发展。如对外贸易的繁盛，直接带来了与阿拉伯、东南亚等地的药材贸易的兴旺，这不仅是元代中外医药交流的一个重要方式，而且也成为元代中后期这种交流的一个显著特点。
元代的对外贸易分陆路和海路，在南宋灭亡以前，陆路贸易是重要的。沿着古代的丝绸之路，商队络绎不绝，通向中亚、西亚和黑海北岸。回回商人是当时对外贸易领域中最活跃的势力，回回药物是他们经营的主要货物之一，有不少回回商人还直接在各地以卖药为业，这种习俗一直延续到元以后。