1917年，余云岫写成《灵素商兑》一书，全书约2.5万字，是一部全面批判和否定中医的奠基著作。
在书中，余云岫痛批中医，他认为“不歼《内经》，无以绝其祸根”，中医学“是占星术和不科学的玄学”，“中医无明确之实验，无巩固之证据……不问真相是非合不合也……”总之，中医被余云岫说得一无是处，甚至被诟为“杀人的祸首”。
余云岫甚至主张要“坚决消灭中医”，“如不消灭中医，不但妨碍民族的繁息、民生的改良”，而且国际地位的“迁善”也无从谈起;“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不向上，卫生行政一日不能进展”。
余云岫完全把中医当成腐朽陈旧的旧医学，必欲取消而后快。他主张禁止一切有关中医的书刊出版，禁止中医办学校培养新中医。
在从日本回国后的10多年里，余云岫的名气并不大。他后来之所以声名远扬，应归结于一次全国性的卫生会议。在这次会议上，当局通过了余云岫提出的著名的“废止中医案”。
1929年2月23日至26日，南京政府卫生部在汪精卫的授意下召开了第一届中央卫生委员会会议，与会者包括褚民谊、颜福庆、伍连德等当时的医界名流共14人。余云岫以中华民国医药学会上海分会会长的身份参加了会议。这次会议没有一位中医人士参加。
会议讨论了余云岫起草的《废止旧医以扫除医事卫生障碍案》。这一提案除了“一个‘医学外行’次长和一两个参事抱怀疑态度外，其余是满场一致通过”。随后，该提案写入2月25日的会议记录。2月26日，上海《新闻报》率先将此事公诸于众。3月2日，余云岫主编的《社会医报》出版中央卫生委员会特刊，公布“废止中医案”。
此案一出，医界鼎沸，全国震动，立即爆发了中医历史上空前的抗议风潮。全国中医界人士群情激愤，成立国医公会，通电全国，游行集会、请愿罢市。这些平日穿长袍的中医先生们，与当年的学生一样，走上了街头，走到国大会议的会场，进行静坐绝食抗议。面对全国中医界和各界人士的强烈反对，政府为了息事宁人，不得不取消废止中医的提案。
虽然这次提案最终被取消，但对中医的打击是巨大的。余云岫对中医基本理论的否定，差不多为当时的舆论界所接受。从这个意义上讲，余云岫还是达到了一定的目的。因此，20世纪30年代后的一个时期，轻视、歧视、排斥、限制、打击中医的政策和言论不断出现;而另一方面，中医药界人士的集会、请愿、游行、罢市等斗争，也是此起彼伏。